Подскажите пожалуйста как выгодно будет через агентство или самому ехать в Чехию?

Смотря откуда вы. Если добраться есть вариант не дорого то можно самому жилье поискать не дорогое или квартиру снять. Визу не проблема сделать. Нужно просчитать вариант самостоятельной поездки и через агенства и посмотреть что выгоднее.