У меня есть родственник в Литве, можем ли мы с женой поехать к нему через российско-Эстонскую границу при наличии у меня вакцины, у жены моей будет только тест?

Россия не выпустит.

@Evgeny: Какие нужны основания ? У меня мой родной дядя похоронен в Литве, хотели побывать у них в этом году.

@Aleksandr: Тоже не является основанием.

Основание для России по родству - только прямые родственники по нисходящей/восходящей линии или муж/жена, брат/сестра (родные). В Вашем случае - только по лечению можно выехать.