А samenwonen же считается для того чтобы при натурализации оставить два гражданства?

Нет, надо брак или партнёрство.

Зарегистрированные типа брака да. А так просто прописать вместе то нет.

Я просто не понимаю считаемся ли зарегистрированными партнерами, если я по партнерской визе (на внж написано что я член семьи х). Я просто однажды поменяла рабочую на партнерскую.

Если вы не регистрировались в хементе как партнеры или не женились, то нет. Это сложно не запомнить, целая церемония со свидетелями.