Если человек нелегально находится в Германии, и Саудия отправила ему визу, в саудовское посольство. Сможет ли человек забрать её и покинуть Германию без лишних проблем?

Покинет он ее конечно же сможет, держать насильно здесь не будут. Проблема будет в том, что ему влепят штамп в паспорт с последующим запретом на въезд ( на сколько не знаю).

Войти в посольство, забрать визу\штампануть визу в паспорт и выйти из посольства не должно быть никаких проблем, имхо. Равно как и вылететь\выплыть из Шенгена. Но как уже сказали, с большой вероятностью на выезде вам влепят какой-нибудь бан как минимум.

Депорт поставят. Запрет на въезд в Шенген на 5 лет.

Без проблем выйти из Зоны Шенген не получится. Депорт на 5 лет в паспорт. Штраф с большей вероятностью.