У меня Российский паспорт , в Германии по визе D. Она заканчивается в сентябре. Будут ли проблемы при оформлении ВНЖ?

Если у вас есть основания для получения ВНЖ, то проблем быть не должно, но никто не знает, что завтра будет, а вы про сентябрь спрашиваете.