Подскажите, пожалуйста как лучше доехать до Эстонии из РФ?

В каком плане лучше.

Диана, возил москвичей и до границы и с границы. Фактически сложилось два наиболее удачных для них формата по сочетанию "скорость - комфорт" (фактор деньги отставляем в сторону так как типичный ответ был "Деньги - не проблема"). Если ехать в Эстонию то так: Прибытие ранним утром из Москвы на Московский вокзал Санкт-Петербурга, поездом, прибывающим в СПб до 7 утра. В поезде спим и набираемся сил на дальнюю дорогу и погранпроцедуры... Берете опытного транфера и удобно 2,5 часа "двигаетесь на повышенной скорости в сторону государственной границы". Если все ок - успеваете на экспресс-дизель, стартующий в 11.14 в Таллин. Он идет всего 2 часа. Очень приличный и вокзал недалеко от центра Таллина. То есть - отобедать сможете уже в Olde Hansa, отметить своё прибытие.