Скажите, а какие проверки / вопросы обычно задают возвращающимся в Россию из Эстонии?

Никаких, если гражданин РФ.

Мне никаких не задали)

А какой в этом смысл? Граждан РФ обязаны пустить при любых обстоятельствах.