Подскажите пожалуйста, у кого-нибудь был опыт с изменением фамилии у ребенка? Если родился мальчик в Испании, смогут ли ему поставить фамилию мужского рода (вместо Петрова-Петров), или они будут строго копировать с паспорта матери?

Да, без проблем пишут как надо.

На сайте российского консульства в Испании где-то была выписка на испанском языке, которую надо показать сотрудникам, чтобы объяснить почему надо писать так, а не иначе. Нашим детям удалось отстоять мужской вариант - дерзайте.(может быть и на сайте посольства испании в Москве - точно не помню).