Если загранпаспорт чистый в выдаче туристической визы могут отказать из-за этого?

Все индивидуально. Но шансов меньше.

Визу могут не дать по миллиону причин и чистота паспорта даже не первая из них, тем более, врядли скажут об этом прямо. Кейс у вас должен быть убедительный.