А кто подскажет. принимают ли документы в Чехию на нострификацию диплома и обучение если есть внж ЕС, но при этом паспорт РФ?

Да, должны. У знакомых дочь нострифицировалась в середине марта.

Если вам виза не нужна для приезда, то спокойно можете учиться. Ностру вуз делает, если речь о высшем образовании. И Магистрат, если среднее.