Что делать если рейс задержали, например часов на 12. Трансфер который должен приехать, не будет столько ждать я полагаю. Как в этом случае доехать до отеля?

А где вы трансфер заказывали? если в отеле — нужно их уведомить о задержке рейса.

Обычно при заказе трансфера они просят написать номер рейса. И сами смотрят уже есть задержка или нет.