Не могу зарегистрироваться на рейс онлайн в эйрсербия, нет Москвы, это нормальная практика?

Да.

Тут кстати Banja Luka - Beograd тоже пропали, хотя на агрегаторах еще продают.

У меня тоже не было онлайн регистрации из СПб, регался уже в аэропорту Но там в любом случае багаж нужно сдавать на стойке регистрации.

Онлайн-регистрация из Москвы была, но из-за постоянных ложных минирований единственный сербский А330 напрочь вылетел из графика. Так как этот же борт ещё летает в Нью-Йорк и туда замена невозможна - меньший самолёт отправили в Москву. Соответственно, временно отключили онлайн-регистрацию, так как сажают в первую очередь бизнес-класс и пассажиров с детьми. Остальным, кто не влез - предлагают пересадки в арабских странах и др. транзиты.