Кто-нибудь пользовался водным транспортом в Стамбуле? Там можно купить билет на пристани ?

Да, можно.

Примерно как метро работает, автоматы такие же, истанбулкарт принимает.

Да, прям на пристани есть кассы, в если вы в метро купите истамбул карт и положите на нее лиры, можно для оплаты использовать ее, чтобы не стоять в кассах, еще и выгоднее будет.