А если у моей жены загран паспорт со старой фамилией, а вакцина по российскому паспорту на новую фамилию, не возникнет сложностей?

Так это вообще незаконно. Можно ехать по старому паспорту только если 30 дней со смены фамилии не прошло, а я предполагаю что прошло, раз вакцира уже есть.