Чем грозит выезд с Испании с просроченной визой ? И прода, что нелегалу можно прописаться и через 3 года он будет резидентом?

Штраф+возможен запрет на въезд в будущем на какой-то срок. Не рекомендую.

Раньше работало, сейчас не знаю (

Штраф, какой не подскажу, нужно искать в законе, и запрет въезда в Шенген 5 лет, так как база единая визу не выдаст не одна страна. Ну и в будущем могут быть отказы ссылаясь на это нарушение.

2 часть вопроса. Нет, сам факт прописки и 3 года вам ничего не дает кроме подтверждения что вы находились на территории Испании. Да, вы можете попробовать остаться по оседлости после этого, но вам нужно будет найти приглашение на работу (не забывайте что вы там нелегал) в фирму, у которой хорошая история, рост доходов и на счету есть как минимум сумма выплат вашей зп на 1 год. Ну и от настроения рассматривающего )