Лечу из Тель-Авива в Москву с пересадкой в Турции. Во время пересадки при регистрации на рейс в Москву паспорт какой показывать — русский? А если билет куплен на даркон, как быть показать два паспорта?

Извините правильно я понимаю длинный билет берём на русский паспорт а погранконтроль из Тель-Авива проходим по даркону.

Это типа две разные конторы. Пограничников интересует законное пересечение границы, авиакомпанию интересует что летит владелец билета. Это разные люди, разные стойки. Пересекать свою страну гражданам которой вы является вы обязаны по ее паспорту.