Если шенгенская виза оформлена в итальянском посольстве, а надо лететь во Францию, но через Женеву, то могут ли возникнуть трудности на таможне?

Наличие шенгенской визы не дает 100-процентной уверенности в том, что Вас впустят в Шенген. Последнее слово всегда за пограничниками. В данном случае швейцарскими. Если Ваша виза новая, т.е. Вы по ней ни разу не пересекали еще Шенген, то пограничники могут спросить, куда Вы дальше направляетесь? Предполагая, что в Италию, или, хотя бы, на несколько дней во Францию, а потом уже на большее количество дней в Италию.

У Вас должны быть подтверждающие документы (бронь отеля) в Италии. Поскольку они увидят Ваш билет во Францию транзитом, то бронь отеля в Италии должна начинаться через пару дней после въезда во Францию и на срок, больший, чем бронь отеля во Франции (она тоже должна быть на эти пару дней).