какой маршрут из Берлина в Калининград лучший?

Если вам у вас в приоритете низкая цена и много свободного времени, то неплохой вариант - на автобусе с пересадкой в Гданьске. Есть авиарейсы с пересадкой в Варшаве, например, но это выйдет существенно дороже.