Евангелическо-лютеранская церковь является крупнейшей конфессией, ее численность составляет около 185 тысяч членов. Существует спор между Эстонской Апостольской Православной Церквью (ЭАПЦ) и Русской Православной Церковью. Большинство эстонцев относятся к ЭАПЦ, которая имеет около трех тысяч членов.
Другие церкви также присутствуют в Эстонии, но в небольшом количестве. Есть также быстро растущие общины. Большинство людей ходят в церковь только на Рождество и не считают себя религиозными, хотя они верят в загробную жизнь и верят понятие судьбы. Астрология, сверхъестественные верования, и шаманизм (дохристианские корни страны) получили широкое признание в последнее время.