У кого-нибудь был опыт, когда VE делали на один паспорт ( пятилетний) , а потом уже на саму визу в Германию подавались с новым, десятилетним?

Рискованная идея, пятилетние Германия не признает. Т.е. VE будет на неизвестное посольству лицо, т.к. такого признаваемого паспорта не будет.

Были тут такие случаи. Самое главное принести на подачу оба

Проблем не будет, приходите с обоими паспортами на подачу. Анкета заполняется на новый паспорт, по крайней мере, так было в переходный период у многих. Но, можно задать вопрос в Посольство, в форме обратной связи.