Что делать если потерял ВНЖ Литвы находясь в РФ? Гражданин РФ.

Очень плохо. Получить можно только в Литве. Поправьте меня если в консульстве можно, но вроде нет.

Обязательно нужно уведомить миграцию, чтоб потерянную карту аннулировали, в целом это большая проблема. Из плюсов, только, что вы имеете решение и в целом можете новую карту по нему получить, но для этого вам нужно делать биометрию