Я зарегистрировала ИП в Литве. Совсем ничего пока не понимаю, как проводить здесь доход, нужен ли отдельный счет для ИП?

Когда, человек сам не понимает, то есть бухгалтеры

Отдельный счёт не обязательно. Главное потом не запутаться, где приход от ИП, а где личный, если будет один счёт.

И у VMI есть русскоязычная поддержка по телефону, можно там поспрашивать интересующие нюансы.