Хотел бы уточнить текущую ситуацию по въезду в Гонконг. У меня двойное гражданство - украинское и российское.

С нами в путешествие была подруга с украинским паспортом, ее всегда уводили типо на допрос минут на 15-20, задавали вопросы, спрашивали обратные билеты и сколько денег , но у нее контракт с ГК фирмой, она все предоставляла и было ок, но в Китай не заезжала, только ГК и Макао, туда-сюда по 2 раза, у вас ситуация немного получше)

Вообще , на практике такое бывает — вплоть до того, что человек выезжает по одному паспорту, а въезжает по другому. Но это зависит от страны и гражданства.

В целом, для въезда и выезда из Японии лучше использовать один и тот же паспорт. Однако я бы не советовал рисковать и рекомендую написать или позвонить в российское или японское консульство, потому что в разное время и в разных странах правила могут отличаться.