Мне нужно прилететь в ОАЭ, Дубай по второму загран паспорту ( до этого всегда летала по первому).

просто идите через smart gate. если что-то будет не так, он вас попросит паспорт, если и паспорт не понравится - отправит вас к пограничникам. Пока у вас к визе привязан действующий паспорт, с чем и как вы летаете это не особо важно - проверено на себе и супруге. в самом экстремальном случае вас просто отправят к пограничнику.