Подскажите, кто знает, при наличии итальянского ВНЖ, надо проходить новую систему контроля EES при вылете из Рима?

нет не нужно, сразу на паспортный, с ВНЖ ставят штамп о въезде и выезде

Нет, не нужно те, у кого есть вид на жительство эту систему не проходят, но в очереди на паспортный контроль стоять вам придётся вместе со всеми туристами из стран не входящих в ЕС в любом случае.

А так для сведения эту новую систему её проходит прямо у окна паспортного контроля.. По крайней мере, в Милане Мальпенса.

Люди пишут что с внж и визами д в некоторых аэропортах либо в очередь граждан либо в отдельную ставят.

Не с туристами.