Кто может подсказать, можно ли оформить пермит для Памира в посольстве Таджикистана в Бишкеке ?

Разрешение ПРС Таджикистана выдаёт

Насколько я нашёл информацию — да, GBAO/Pamir permit можно оформить через посольства Таджикистана за границей, в том числе в Бишкеке. Но лучше заранее уточнить у них напрямую, потому что правила и сроки иногда меняются.

Многие путешественники также делают пермит через e-visa онлайн или через турфирмы/гидов в Кыргызстане и Таджикистане.

Так что вариант через Бишкек — скорее всего рабочий, но я бы советовал написать или позвонить в посольство перед поездкой.