Подскажите, реальную сумму штрафа за просрочку визы на Филиппинах ? Штраф выписывают прямо у стойки регистрации на обратном вылете из Манилы?

1000 песо + стоимость продления около 4тыс

Да сходите и продлитесь. Это делается одним днём за 3-4 тысячи пьесо (я сколько раз продлял, они все по разному брали, но это точно меньше 100$).