Планирую поездку в Худжанд ( и Истиклол) дней на 5. Подскажите, пожалуйста, как лучше добраться из Новосибирска?

Если очень кратко. Летите до Ташкента - берете такси до границы Ойбек. Переходите ее ножками, в Таджикистане вы берете такси до Худжанда.

При желании из Худжанда можно и Кайроккум заехать на 1 день.

Квартиры - букинг, Airbnb, somon tj. Там можно найти. Или отель, если хотите.

Недалеко от Худжанда ещё есть дворец Арбоб - типа Петергофа.

По поводу регистрации. Если не дольше 10 рабочих дней (14 календарных), регистрация не нужна

По Худжанду - такси Максим - самое нормальное. Но нужна местная СИМ-карта. Или роуминг включать. Но дешевле местную сим оформить.