Билеты на самолет оплачены с российской карты, бронирование и инвойс буду платить уже с иностранной. могут ли на это возмутиться при подаче на визу в Германию?

Нет, к этому лояльны в Посольстве. Вам, без фингарантий от организаторов, нужно будет, помимо уже оплаченных отеля и билетов, показать на своем иностранном/нероссийском счету порядка 100 € в день. Ну и, разумеется, движение по российскому счету за 3 мес.