Подскажите, а бывают рейсы Аэрофлота с стыковкой или еще чем? Везде указано что прямой но откуда + 2 часа к перелету не могу понять. Было 5,5 часов в пути и стало 7

Это дозаправка скорее всего.

Не бывает у Аэрофлота. Это час разницы из-за разницы времени между Египтом и РФ

Облетает страны с которыми нет договора о наземном ведении воздушных судов.

Так уже несколько лет облетают через Казахстан

Летели неделю назад из Спб, через казахстан,грузию.всю турцию. 7часов ))) плюс 2 часа в Пулково в самолете просидели .Итого 9 часов

В Шереметьево 1,5 часа заправлялись питьевой водой, которая замёрзла перед этим, и поливали от обледенения

5.50 и 7, разница в час. Такое бывает. Может облёт какой дальше. Длительные перелеты все примерно с разницей в час. Только ветер наверно может помочь

Скорее всего борт посадку где то делает , типа на ТО какое - нибудь, без высадки пассажиров.