Кто-нибудь знает если по визе D в Хорватии можно покидать страну не более чем на месяц подряд или не более чем на 3 месяца всего ВНЖ как они это проверят внутри шенгена?

внутри пока не сильно контролят, это оч зависит от конкретной страны, транспорта и проч. Например когда пересекаешь границу Хорватии и Словении (например если едешь в Италию, Австрию на автобусе), пограничники проверяют и фотографируют все документы. На машине не так сурово..

Правила нарушать плохо, но, в реальности, никак не проверят, и, самое главное, не будут даже пытаться. Вот если Вы поменяете основание, останетесь и пойдете на ПМЖ подавать - тогда да, будут проверять. Но и тогда отследить перемещения внутри шенгена затруднительно.