Лечу с Осаки в Пекин с пересадкой в Гонконге всего 2 часа, нужно ли будет мне проходить паспортный контроль и повторную регистрацию, если билет единый?

Чаще всего не надо. Точно вы узнаете на регистрации. Иногда дают два посадочных, иногда один, но в транзите выдают второй. Тоже самое и про багаж, если на бирке будет указан Пекин, то получать не надо, даже если вы его и увидели на ленте.