Подскажите, пожалуйста, если вылетаешь не из той страны, где делал шенген - это негативно влияет на визовую историю? При том что влет был как положено, в Венгрию

Вылетать можно, но для Венгрии важно, чтобы весь маршрут соответствовал заявленному в анкете на визу. И дней в Венгрии должно быть проведено больше, чем в другой стране (в идеале).