Если нам поезде в Калининград Янтарь ехать из Москвы с пуделем чипированным в России. Не отберут собаку?

ну если документы все в порядке, то нет

Транзит через литву - там не смотрят документы на собаку ни белорусы ни россияне ни лт , но паспорт и прививки должны быть все актуальные на животное. И место надо покупать только с лапкой ( проезд с животными где разрешен).