Если длинная пересадка в аэропорту в Абу Даби , то нужно идти не в зону транзита, а сразу в город? А потом на рейс опять регистрироваться?

Если планируете выйти в город, то вам не надо идти в транзитную зону. Если у вас единый билет, то на оба рейса билеты вам выдадут в начальной точке при регистрации на первый рейс. После как погуляли в городе просто сразу с билетами на досмотр идете. При этом даже багаж вы не получаете, они перегрузят его на другой самолет. Если покупали разными компаниями, то и билеты надо получать, и багаж

Все зависит от того как оформлен билет и от авиакомпании, а также от времени пересадки. Если одна АК и один билет,то скорее всего все оформят в аэропорту сразу - и багаж и посадочные, но лучше уточнить. Если разные АК или билеты оформлены отдельно, то только через получение багажа и выход в город и повторную регистрацию