Есть ли на Мальту трансферы? Если нет, то сколько закладывать обычно на переоформление багажа и прочее? Первый раз планирую подобную поездку и не совсем понимаю, сколько времени нужно.

Если летите через Стамбул разными компаниями и надо выходить, получать багаж, регистрироваться и проходить таможню, то надо закладывать не менее 3 часов, а если только турецкой компанией, то и 2 часов хватит. Все зависит на сколько рейс задержится в пункте вылета. Не советую лететь из Москвы разными компаниями. Рейс могут задержать и второй билет пропадет.