Могу ли я в аэропорту пройти через система Смарт Гейт по 5-летнему паспорту, если это вторая поездка?

Да

Вполне.

На сайте можно проверить есть ли смартгейт на твоей паспорте

Скорее всего, да.

Сможете, если глаза "считаются", если нет, паспорт приложить в смарт-гейте не получится, будете вторую очередь стоять к офицеру.