Планируем лететь Москва-Стамбул-Женева. Шенгенская виза будет французская ( надеюсь). Выходить нужно через французский терминал (

Это в Базеле в аэропорту можно это сделать. Там если выход и поставят штамп в французском терминале. Вообще конечно лучше чтобы был штамп страны выдавшей визу. Но это еще не гарантии , что в след раз опять дадут

Есть правила шенгена, которых я так понял вы не нарушаете ( цель поездки в основном франция?), вашим соблюдением которых в тя все руководствуются при рассмотрении заявления на визу.

А далее есть ничем не подтвержденные верования что вдруг что-то как-то влияет страна въезда, никаких официальных или иных комментариев уполномоченных лиц на этот счет нет, статистики нет, слухам этим ничем не подтвержденным лет 20 как все начали ездить в шенген

Принимать ли во внимание такие гипотезы смотрите сами

Вы не выйдите в Женеве при перелете из Стамбула на французскую границу сразу. Первый штамп будет при вашем перелете 100 процентов швейцарский!

После ноябрьских изменений с однократными визами врчдли кто то вам про будущее ответит.