Мне как гражданке рф нужна регистрация на время проживания в Душанбе, тк планирую оставаться более 90 дней.

Ты можешь сама обратиться в местное отделение миграционной службы МВД/ОВиР и зарегистрироваться по месту фактического проживания (если есть договор аренды, даже без участия хозяина). Часто они регистрируют иностранных граждан и без участия арендодателя, если есть письменный договор или доказательства проживания. Это самый «официальный» способ.