На Филиппинах на заплыв по подземной реке реально нужно получать permit? Если да, то где его лучше получить, и как долго (задолго) его оформляют?

Оформляют прямо на месте. На причале. Тут же оплачиваете лодку, если не хотите идти пешком через джунгли.

Стоит примерно 700 песо со взрослого и 300 с ребенка до 20 по-моему лет. Плюс лодка около 300 на человека.