Сделали случайно супругу две анкеты на кубу, теперь два куар кода. Чем грозит?

А чем это может грозить? Коды, по идее, должны быть абсолютно идентичные.

Ни чем, просто в системе будет 1 невостребованный, который через 2 дня сам анулируется

Ничем, актуальную версию последнюю берите с собой и все

Ничем. Мы так тоже делали. Показывали последний.

Распечатайте одну на бумаге. С бумажным вариантом пройти немного быстрее. Про вторую спокойно забудьте!