Может ли кто-то посоветовать, что делать в этой ситуации.

Да.

Также возил сын наличку. До 10000 за раз.

Первый раз просто написал что это материальная помощь от отца на учебу.

Через год спросили откуда деньги у отца)))

Отправили выписку из Минюста о том что я владелец компании, ссылку на сайт компании.

После этого вопросы прекратились.

Кстати, их интересовало в какой стране отец получает доход. Первый вопрос возник когда на счёт было суммарно внесено 9000 евро.

Второй, когда собралось 27000 евро.

У нас была такая же история. Письмо в банк - помогло: показывали происхождение средств (прикладывали справки/выписки) и объясняли почему кэш. У вас тоже должно сработать! Удачи

Предоставляли справку о доходах родителей (переводили на нидерландский) и пояснение в свободной форме что проживание и обучение за счет родителей.

По своему опыту, было тоже самое:

Годовая справка о доходах родителей, переведенная нотариальным переводчиком, всё