Подскажите, пожалуйста, лучше брать единый билет Новосибирск-Пекин-Сеул или можно раздельно? Мне выгоднее их купить раздельно, но переживаю за погранконтроль, что при вылете билет будет отдельно в Китай, а уже оттуда в Россию

Если выгоднее раздельные билеты то не переживайте за погранконтроль. Многие так делают.

Я сама из Пусана летела через Пекин и в Пекине была 2 дня, чтобы хоть немного по городу погулять. А потом в Нск из Пекина.

Просто если спросят, то покажете все билеты, последний должен быть в Россию и все.