Как лучше поступить, заранее купить билеты с Манилы до Катиклана или уже по факту прилета в Манилу взять до Катиклана?

А думаете по факту будут какие-то скрытые рейсы, которые трип ком не показывает? Я на произвольную дату посмотрел (19 февраля, последний вылет на Катиклан 17-00). Можно в 20-00 до Калибо вылететь. Там добираться подольше и подороже немного до Боракая, но зато не ждать следующего дня. Ну или, если совсем поздно прилетаете, прям рядом с аэропортом Манилы отели есть.

Взять по прилёту это уже варианты которые остались и сильно дороже.

Вам хватит для пересадки 3-4 часа. Утром прилетите и заранее купите до катиклана. День в день будет дороже раза в 3-4. Либо до Калибо, но там 1.5 часа ехать до парома. Не советую