Подскажите пожалуйста, кто сталкивался с тем, что турист имеет двойное гражданство России – Израиль, пустят ли на Мальдивы?

Ну так многие и летают по паспорту РФ

Насколько помню в загран паспорт РФ не ставится отметка о двойном гражданстве. Если так, то вы и влетаете на Мальдивы как гражданин/ка РФ по соответствующему паспорту.