Хочу посоветоваться по аренде жилья. Летим на Филиппины на 3 месяца, каждый месяц на отдельном острове.

в общем то лично искать это самый подходящий вариант. но цены в любом случае будут как посуточно. По приезду на остров просто берите отель на сутки. Вообще,где есть сдача жилья обычно баннеры висят с инфой по аренде

Идея здравая, но я бы посоветовала хотя бы на airbnb несколько адресов найти, где искать. Так сказать, для подстраховки.