Подскажите, самостоятельным туристам можно ли из России прилететь в Шарм Эль Шейх, а вылететь в Россию из Каира или Хургады?

Можно, но только в Шарме надо будет визу получить, за 25 долларов

Можно конечно, сама так делала. Не забудьте визу сделать. Если будете вылетать из аэропорта, отличного от аэропорта прилета, то вылет возможен только регулярными рейсами.