Был ли у кого опыт подачи второго паспорта на визу на Кипр, когда первый в консульстве другой страны шенгена? Вроде как написано, что нужно все паспорта сдавать, но вдруг есть варианты?

Конечно, был. Принесите копию паспорта и подтверждение, что он в другом Консульстве.

У меня был такой опыт, достаточно предьявить договор с визовым центром или другой документ, который подтверждает, что второй паспорт находится в консульстве. С документов сделают копию/или сами сделайте.Но оригиналы нужно будет показать при предоставлении копий документов.