Подскажите, пропустят ли меня с визой Болгарии в Германию? и каким тогда лучше транспортом из Болгарии туда добираться?

Ну , если вы откроете визу в Болгарии, то пропустят , границ как таковых в Шенгене нет, может быть контроль, но в Болгарии вы должны повести большее количество дней и готовы это документально подтвердить.