Я хочу полететь в Нидерланды, если я получу испанский Шенген, прилечу на день в мадрид, открою его, а после прилечу в Амстердам, и пробуду там условно неделю, могут ли быть какие-то проблемы(знаю про правило большинства дней)?

В следующий раз при подаче на шенген в теории могут быть проблемы

Нет. Я так делал и ни один раз

Пограничного паспортного контроля внутри Шенгенской зоны нет.

Я тоже так делал несколько раз, лично у меня проблем не возникало с последующими визами